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系統解析
系統解析のための色々
- 2地点の緯度・経度から距離を計算する
- GenBank形式配列から特定遺伝子を切り出す
- Illumina用アダプター付きプライマー
- Illumina用インデックス付きプライマー
- Non-InterleavedなPHYLIPファイルを作る
- ZaurusでEMBOSS
- ZaurusでStaden Package
- phredによるベースコール
- アライメントのコツ
- タンパクコード領域塩基配列のマルチプルアライメント
- メルセンヌツイスターによる乱数でブートストラップリサンプリング
- ユニバーサルプライマー
- 塩基配列からアミノ酸配列への翻訳
- 核酸・アミノ酸配列ファイル形式の変換
- 系統樹上のOTU間距離を求める
- 同樹形・不等枝長の複数系統樹から平均枝長の系統樹を作成する
実験プロトコル
- 0.1M Tris-HCl pH6.4
- 10xシーケンスバッファ
- 13% PEG + 1.6M NaCl溶液
- 1M NaCl溶液
- 1Mクエン酸ナトリウム溶液
- 20% PEG + 2.5M NaCl溶液
- 2x CTAB
- 3M 酢酸ナトリウム pH5.2
- AMPureXPによるサイズ選択
- AMPureXPによる濃度均一化
- AMPureXPもどき
- Binding Buffer
- Buffer QBT
- CTAB×フェノクロによるDNA抽出
- DNAzolによるDNA抽出
- DNAアガロースゲル電気泳動
- ExoSAP-IT処理
- Insect Lysis Buffer
- PCR
- PCR with Phusion
- PCRプライマーの設計
- PCR用10xローディングバッファ
- PCR用試薬
- PEG沈
- RNAlaterもどき
- Wash Buffer
- シーケンス反応
- スピンカラムによるDNA抽出
- スピンカラムの再生
- プレート遠心機による排液
- 次亜塩素酸漂白による滅菌処理
進化学会
生態学会
- シンポジウム2012：白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎
- 自由集会2009：進化生態学のための分子系統樹の推定と応用
- 自由集会2016：メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法
- 統計合宿2006
定番ソフトウェア
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最終更新時間：2005年06月01日 01時15分59秒