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Illumina用アダプター付きプライマー

[系統解析のための色々]

Illumina用アダプター付きプライマー

 Illuminaのシーケンサでマルチプレックスする場合、アダプター付きプライマーでPCRを行うことで、PCR産物にアダプターを付加する。また、シーケンス時に最初の6塩基の多様性が高くなるように、Nを6塩基加える。さらに、それ以降の塩基の多様度も高くなるよう、Nを3塩基にしたものと6塩基にしたものを混合して使用する。

アダプター配列

  • F TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNN
  • R GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNN

作成例

  • F Euk1391f-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTACACACCGCCCGTC
  • F Euk1391f-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVBGTACACACCGCCCGTC
  • R EukBr-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNTGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
  • R EukBr-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNVHBTGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
  • F jgLCO1490-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNTITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
  • F jgLCO1490-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNVNVTITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
  • R mlCOIintR-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
  • R mlCOIintR-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHHYGGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
  • F mlCOIintF-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
  • F mlCOIintF-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHHSGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
  • R jgHCO2198-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNTAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
  • R jgHCO2198-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNVBNTAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
  • F MiFish-U-F-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
  • F MiFish-U-F-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVDGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
  • R MiFish-U-R-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
  • R MiFish-U-R-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNDBVCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
  • F MiFish-E-F-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
  • F MiFish-E-F-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVVGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
  • R MiFish-E-R-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
  • R MiFish-E-R-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNDBVCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG

 ここでは、3Nのプライマーと6Nのプライマーを混合したときに、最初の6塩基がNになるように、6NのプライマーのNの後半3塩基を設計している。例えば、Euk1391f-3Nの3Nに続く3塩基がGTAなので、Euk1391f-6Nでは対応する部分がHVBとなっている。両者を1:1で混合した場合、GTAが多くはなるが、塩基の多様度は十分高いものになる。HVBをNNNにしてしまうと、GTAの割合がより高くなる。

最終更新時間:2017年07月15日 02時09分05秒