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分子遺伝学関連

[リンク集]

分子遺伝学関連リンク集

 塩基・アミノ酸配列を扱う分子遺伝学関連のリンク集。

オンラインリソース

 BLAST

 配列データベースからの相同性検索。

 FASTA

 同上。

 SSEARCH

 同上。

 SQmatch

 正規表現で相同性検索。

 GeneFisher

 PCR用プライマー設計補助サイト。

ソフトウェア

 Phred

 オートシーケンサからの出力波形を解析して配列を出力するプログラム。波形から配列のQuality値を算出することが可能。

 ClustalW

 累進法を採用したmultiple sequence alignment software。

 PRRN

 これもmultiple sequence alignment software。累進法に反復改善法を組み合わせている。出力は良いが演算は多い。

 SAGA

 これもmultiple sequence alignment software。累進法に、遺伝的アルゴリズムによる改善法を組み合わせている。演算量多し。

 MAFFT

 高速フーリエ変換を応用して大量のデータを高速に処理するmultiple sequence alignment software。

 Muscle

 高速でreasonableな結果を出すmultiple sequence alignment software。

 HMMer

 アミノ酸配列に対して隠れマルコフモデルに基づく相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。

 Infernal

 rRNA/tRNAをコードしている領域の塩基配列に対して相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。

 Gblocks

 multiple sequence alignmentからalignmentの信頼性の低い座位を探し出して除去するためのソフト。

 trimAl

 Gblocksを発展させてパラメータ自動設定機能を充実させたようなもの。

 CAP

 二つの配列を類似部分で接続するプログラム。

 Phrap

 二つ以上の配列を類似部分で接続するプログラム。PhredによるQuality値を考慮することができる。

 BioEdit

 Windows用のmultiple sequence alignment editor。ClustalWが同梱されており、プログラム内から呼び出してアライメントが可能。ABI/SCF形式の波形解析もできる。系統解析ソフトもいくつか付いており、これだけで十分という人もいる。

 SeaView

 multiple sequence alignment editor。WindowsだけでなくMac、UNIXでも動作する。アライメントにはClustalWを採用している。

 SeqPup

 multiple sequence alignment editor。C++版とJava版がある。

 GeneAlign

 multiple sequence alignment editor。ClustalWを呼び出す。Javaプログラム。

 Jalview

 Javaプログラムなmultiple sequence alignment editor。アライメントのクオリティを図示してくれる。ただし私の環境でデフォルト設定ではプロポーショナルフォントになっているようで表示がおかしかった。カラー表示にすると正常に表示された。

 Sequence Analysis

 Java製のPrimerデザイン支援用ソフト。

 ESPript

 multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。

 BoxShade

 multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。

 DNArates

 サイトごとの塩基置換速度を求めるプログラム。

 EMBOSS

 塩基配列操作ユーティリティの詰め合わせ。Windows版はここ。

 ncbitools

 NCBIのプログラムとか色々。BLASTも入っている。

 FASTA

 著名なホモロジーサーチプログラム。

 ReadSeq

 塩基配列フォーマット相互変換プログラム。

 BioPerl

 主に配列操作用のPerlモジュール集。

 BioRuby

 同じくRubyモジュール集。

 BioPython

 同じくPythonモジュール集。

 BioJava

 同じくJavaクラス集。

最終更新時間:2010年06月09日 20時07分39秒