[リンク集]
分子遺伝学関連リンク集
塩基・アミノ酸配列を扱う分子遺伝学関連のリンク集。
オンラインリソース
BLAST
配列データベースからの相同性検索。
FASTA
同上。
SSEARCH
同上。
SQmatch
正規表現で相同性検索。
GeneFisher
PCR用プライマー設計補助サイト。
ソフトウェア
Phred
オートシーケンサからの出力波形を解析して配列を出力するプログラム。波形から配列のQuality値を算出することが可能。
ClustalW
累進法を採用したmultiple sequence alignment software。
PRRN
これもmultiple sequence alignment software。累進法に反復改善法を組み合わせている。出力は良いが演算は多い。
SAGA
これもmultiple sequence alignment software。累進法に、遺伝的アルゴリズムによる改善法を組み合わせている。演算量多し。
MAFFT
高速フーリエ変換を応用して大量のデータを高速に処理するmultiple sequence alignment software。
Muscle
高速でreasonableな結果を出すmultiple sequence alignment software。
HMMer
アミノ酸配列に対して隠れマルコフモデルに基づく相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。
Infernal
rRNA/tRNAをコードしている領域の塩基配列に対して相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。
Gblocks
multiple sequence alignmentからalignmentの信頼性の低い座位を探し出して除去するためのソフト。
trimAl
Gblocksを発展させてパラメータ自動設定機能を充実させたようなもの。
CAP
二つの配列を類似部分で接続するプログラム。
Phrap
二つ以上の配列を類似部分で接続するプログラム。PhredによるQuality値を考慮することができる。
BioEdit
Windows用のmultiple sequence alignment editor。ClustalWが同梱されており、プログラム内から呼び出してアライメントが可能。ABI/SCF形式の波形解析もできる。系統解析ソフトもいくつか付いており、これだけで十分という人もいる。
SeaView
multiple sequence alignment editor。WindowsだけでなくMac、UNIXでも動作する。アライメントにはClustalWを採用している。
SeqPup
multiple sequence alignment editor。C++版とJava版がある。
GeneAlign
multiple sequence alignment editor。ClustalWを呼び出す。Javaプログラム。
Jalview
Javaプログラムなmultiple sequence alignment editor。アライメントのクオリティを図示してくれる。ただし私の環境でデフォルト設定ではプロポーショナルフォントになっているようで表示がおかしかった。カラー表示にすると正常に表示された。
Sequence Analysis
Java製のPrimerデザイン支援用ソフト。
ESPript
multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。
BoxShade
multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。
DNArates
サイトごとの塩基置換速度を求めるプログラム。
EMBOSS
塩基配列操作ユーティリティの詰め合わせ。Windows版はここ。
ncbitools
NCBIのプログラムとか色々。BLASTも入っている。
FASTA
著名なホモロジーサーチプログラム。
ReadSeq
塩基配列フォーマット相互変換プログラム。
BioPerl
主に配列操作用のPerlモジュール集。
BioRuby
同じくRubyモジュール集。
BioPython
同じくPythonモジュール集。
BioJava
同じくJavaクラス集。
最終更新時間:2010年06月09日 20時07分39秒