DNAアガロースゲル電気泳動

[実験プロトコル]

DNAアガロースゲル電気泳動

　PCR産物を1〜2%アガロースゲル内で電気泳動することにより、鎖長ごとに分離する(長いほどアガロース内の移動速度が落ちる)。ゲル切りを行ってDNAを回収することも可能。ただしその際は紫外線を当てすぎないように注意。

必要なもの

• 適当なチューブ 1本以上 or パラフィルム
• アガロース 適量
• 1x TAE 20〜80ml
• 1,000x SYBR Gold or SYBR Safe DMSO溶液 10〜40ul + 1x TAE 適量
• PCR産物 2ul
• 1.5x loading dye 4ul /sample+マーカー
• ラダーマーカー 2ul

手順

1. ビンにアガロース 適量と1x TAEを必要量の1/2強入れて電子レンジで加熱
2. アガロースが溶けたら残りの1x TAEを加えて混ぜ、型に流し込む
3. PCR産物をスピンダウン
4. 1.5x loading dye 4ul x(サンプル数+1)にPCR産物 2ulを加える
5. 固まったゲルを泳動槽にセット
6. 4とラダーマーカーをゲルの穴にapply
7. 泳動槽のふたをきっちり閉めてから極性方向に注意して電源ON (電極付近から気泡が発生しているかよく確認すること)
8. 適当な時間電気泳動を行う
9. ゲル型に1x TAE 適量(ゲル作成に要した量の半分)を入れ1,000x SYBR Gold or SYBR Safe DMSO溶液を1xになるよう混合 (SYBR Safeの希釈済TAE溶液の場合はそのまま使う)
10. ゲルをゲルトレイから外して9に漬け込む
11. アルミホイルを被せて1時間以上放置(時々揺すると良い)
12. トランスイルミネータでUVか青色光を当てて泳動像を確認

　SYBR Safeの場合は1xになるようにゲルに混合してしまってもよい(これをプレキャストとかプレステインと呼ぶ)。SYBR Goldではプレキャストすると泳動像が乱れてしまうのでできない。