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自由集会2016:メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法

[生態学会]

メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法

このページは日本生態学会2016年年次大会の自由集会『メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法』のページです。

企画

  • 田辺晶史 (水研セ・中央水研)

日時

2016年03月24日 17:00-19:00

会場

仙台国際センター会議棟2F桜2(Room D)

概要

環境DNAやメタゲノムを用いたDNAバーコーディング法は、様々な環境での生物群集の情報をより省エネルギー・省コストで得られる技術として期待されており、特に微生物生態学の分野では多くの応用例が蓄積されている。大型生物を対象とする研究では、水生生物が水中に放出しているDNA=環境DNAを検出可能であることが実証され、今後応用が進むものと思われる。陸上生物であっても、すり潰してDNAを抽出するか、液体に溶いてからDNAを抽出することで同様の処理が可能である。この技術を応用することで、より多くの地点の群集を観測したり、より短い間隔で観測を行ったり、より網羅的な観測を行うことが可能になるが、サンプルの採集・DNA抽出・シーケンスは言うに及ばず、シーケンスデータから群集行列データへの変換、群集行列データの統計的分析にはこれまでとは異なる様々な落とし穴が存在し、新規参入のハードルとなっている。本集会では、それぞれの分析過程のテクニカルな解説を経験者や開発者が行い、落とし穴の回避方法や今後の課題と展望について議論する。

演題

  1. 趣旨説明 田辺晶史 (水研セ・中央水研)
    • 講演スライドPDF: 20160324intro.pdf(417)
    • このスライドにはクリエイティブ・コモンズ 表示-継承 2.1 日本ライセンスを適用します
  2. MiSeqを用いた超多検体分析:サンプリングからシーケンスまで 東樹宏和 (京大・人環)
  3. NGSデータからの超大規模群集行列データの作成 田辺晶史 (水研セ・中央水研)
  4. メタゲノムデータを用いた群集統計解析法:レアファクションから仮説検定まで 門脇浩明 (京大・人環)
    • 講演スライド修正版PDF: ESJ63W31_kadowaki_v2.pdf(2018)
    • このスライドにはクリエイティブ・コモンズ 表示-継承 2.1 日本ライセンスを適用します
    • 模擬データと解析用Rスクリプト: Rscript_Kadowaki.zip(216)
    • このRスクリプトと模擬データはパブリックドメインです。ご自由にお使いいただけます

上記スクリプトを使用する際は、最初に展開したフォルダへ作業フォルダを移動する必要がありますので、以下のコマンドを実行して下さい。

setwd("Rscript_Kadowaki.zipを展開してできるRscript_Kadowakiフォルダ")

また、必要なパッケージをインストールしていない場合は以下のようにinstallpackages.Rを実行してインストールして下さい。

source("installpackages.R")

解析コマンド群はESJ63_metagenomics_script.Rに書いてあります。source()関数でも実行可能ですが、テキストエディタ等で表示してRにコピー&ペーストして少しずつ実行した方が理解しやすいと思います。並列化は行っていないため、実際のデータセットでは解析に長時間かかる場合があります。高速に実行したい場合はparallelやforeachパッケージを用いて並列計算を行って下さい。