同樹形・不等枝長の複数系統樹から平均枝長の系統樹を作成する

[系統解析のための色々]

同樹形・不等枝長の複数系統樹から平均枝長の系統樹を作成する

　例えばMrBayesでSeparate modelを使ってMCMCを実行すると、樹形は同じで枝長が異なる複数のファイルができあがってしまい、SumTができません。そこで、枝長の平均をとってそれらのファイルを結合したファイルを作成します。PAUP*などでSeparate modelでの枝長を知りたい、そのような樹形ファイルを作成したい場合にも使えます。

License

This script is distributed under GNU GPL.

本スクリプトは、GNU GPLに基づいて配布されています。

決まり文句

　例によって例のごとく内容は無保証なので要注意。このページの情報に従って何らかの損害が出ても補償できませんのであしからず。要するに自己の責任において実行してちょうだいねということです。

必要なもの

• Perl

　スクリプトを実行するために必要。WindowsではActivePerlでOK。

スクリプト

• http://www.fifthdimension.jp/products/combtree/

からダウンロードして下さい。combinetreesNEXUS.plはNEXUS入力・NEXUS出力(NEXUS/AltNEXUS両対応)。combinetrees.plはNewick/PHYLIP/AltNEXUS入力・Newick出力のスクリプトです。

使用方法

perl combinetreesNEXUS.pl 入力ファイル1 .. 入力ファイルN 出力ファイル

とします。すると、枝長に平均値を持つ樹形ファイルができあがります。メモリを節約するように実装してしまったので猛烈に遅いため注意して下さい。