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ユニバーサルプライマー

[系統解析のための色々]

ユニバーサルプライマー

 各分類群用のユニバーサルプライマーを挙げておく。

細菌16S用

  • F 515FB GTGYCAGCMGCCGCGGTAA Parada et al. (2016)
  • R 806RB GGACTACNVGGGTWTCTAAT Apprill et al. (2015)
  • R 926R CCGYCAATTYMTTTRAGTTT Liu et al. (1997)

真核18S用

  • F Euk1391f GTACACACCGCCCGTC Amaral-Zettler et al. (2009)
  • R EukBr TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC Amaral-Zettler et al. (2009)
  • Blocking Mammal_block_I-short_1391f GCCCGTCGCTACTACCGATTGGIIIIITTAGTGAGGCCCT-C3sp Earth Microbiome Project

真菌ITS用

  • F ITS1-F_KYO1 CTHGGTCATTTAGAGGAASTAA Toju et al. (2011)
  • R ITS2_KYO2 TTYRCTRCGTTCTTCATC Toju et al. (2011)

動物COI用

  • F jgLCO1490 TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG Geller et al. (2013)
  • R mlCOIintR GGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC Leray et al. (2013)
  • F mlCOIintF GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC Leray et al. (2013)
  • R jgHCO2198 TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA Geller et al. (2013)

 なお、Iはデオキシイノシンである。ACGTのいずれの塩基とも結合する(結合力は異なるが)万能塩基である。合成料金は高くなる。

魚類12S用

  • F MiFish-U-F GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC Miya et al. (2015)
  • R MiFish-U-R CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG Miya et al. (2015)
  • F MiFish-E-F GTTGGTAAATCTCGTGCCAGC Miya et al. (2015)
  • R MiFish-E-R CATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG Miya et al. (2015)

 MiFish-UとMiFish-Eは混合して用いる。

最終更新時間:2017年07月15日 01時36分50秒