ユニバーサルプライマー

[系統解析のための色々]

ユニバーサルプライマー

　各分類群用のユニバーサルプライマーを挙げておく。

細菌16S用

• F 515FB GTGYCAGCMGCCGCGGTAA Parada et al. (2016)
• R 806RB GGACTACNVGGGTWTCTAAT Apprill et al. (2015)
• R 926R CCGYCAATTYMTTTRAGTTT Liu et al. (1997)

真核18S用

• F Euk1391f GTACACACCGCCCGTC Amaral-Zettler et al. (2009)
• R EukBr TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC Amaral-Zettler et al. (2009)
• Blocking Mammal_block_I-short_1391f GCCCGTCGCTACTACCGATTGGIIIIITTAGTGAGGCCCT-C3sp Earth Microbiome Project

真菌ITS用

• F ITS1-F_KYO1 CTHGGTCATTTAGAGGAASTAA Toju et al. (2011)
• R ITS2_KYO2 TTYRCTRCGTTCTTCATC Toju et al. (2011)

動物COI用

• F jgLCO1490 TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG Geller et al. (2013)
• R mlCOIintR GGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC Leray et al. (2013)
• F mlCOIintF GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC Leray et al. (2013)
• R jgHCO2198 TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA Geller et al. (2013)

　なお、Iはデオキシイノシンである。ACGTのいずれの塩基とも結合する(結合力は異なるが)万能塩基である。合成料金は高くなる。

魚類12S用

• F MiFish-U-F GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC Miya et al. (2015)
• R MiFish-U-R CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG Miya et al. (2015)
• F MiFish-E-F GTTGGTAAATCTCGTGCCAGC Miya et al. (2015)
• R MiFish-E-R CATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG Miya et al. (2015)

　MiFish-UとMiFish-Eは混合して用いる。