PCR用試薬の変更点

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{{category 実験プロトコル}}
*一覧表
,用途,名称,製造者,コスト
,通常,Taq,Ampliqon,6
,通常,Taq,New England BioLabs,9.5
,通常,GoTaq,Promega,28
,通常,rTaq,TOYOBO,50
,通常,Taq,TaKaRa,50
,LA-PCR,LongAmp Taq,New England BioLabs,36.8
,LA-PCR,Ex-Taq,TaKaRa,54
,LA-PCR,Blend Taq,TOYOBO,38
,LA-PCR,Phusion,Finnzymes,64
,HotStart,TEMPase,Ampliqon,7
,HotStart,anti-Taq high,TOYOBO,16
,HotStart,Taq Antibody,TaKaRa,20
,HotStart,Taq HotStart,TaKaRa,54
,HotStart,AmpliTaq Gold,AppliedBiosystems,56
,LA-PCR HotStart,Ex-Taq HotStart,TaKaRa,60
,LA-PCR HotStart,Blend Taq Plus,TOYOBO,42
,LA-PCR HotStart,Phusion HotStart,Finnzymes,76
,LA-PCR HotStart,KOD FX,TOYOBO,70
コストは20ul反応系で、Taqは0.5U、KODとPhusionは0.4Uを用いると想定して算出した。単位は円。
*通常のPCR用
-[Ampliqon Taq DNA polymerase|https://www.funakoshi.co.jp/shiyaku/entry/3591.php]
20ul反応系で1サンプル当たり6円
-[New England BioLabs Taq DNA polymerase|http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0267.asp]
20ul反応系で1サンプル当たり9.5円
-[Promega GoTaq DNA Polymerase|http://www.promega.co.jp/Cre_Html.php?pGMPID=0202009]
20ul反応系で1サンプル当たり28円。反応を阻害しない色素入りのバッファが添付されており電気泳動時にDyeを加える必要がない。
-[TOYOBO rTaq|http://www.toyobo.co.jp/seihin/xr/lifescience/products/product/pcr/archives/2006/09/rtaq_dna_polymerase.html]
20ul反応系で1サンプル当たり50円
-[TaKaRa Taq|http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0172]
20ul反応系で1サンプル当たり50円
*LA-PCR用
-[New England BioLabs LongAmp Taq DNA polymerase|http://www.neb.com/nebecomm/products_Intl/productM0323.asp]
20ul反応系で1サンプル当たり36.8円
-[TaKaRa Ex-Taq|http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C0173]
20ul反応系で1サンプル当たり54円
-[TOYOBO Blend Taq|http://www.toyobo.co.jp/seihin/xr/lifescience/products/product/pcr/archives/2006/09/blend_taqblend_taq_plus.html]
20ul反応系で1サンプル当たり38円
-[Finnzymes Phusion High-Fidelity DNA polymerase|http://www.finnzymes.com/pcr/phusion_high_fidelity_dna_polymerase.html]
20ul反応系で1サンプル当たり64円。Taqの約52倍の忠実性を持つ酵素。複写速度もTaqの約2倍と高速なため少量でPCRが可能。初期変性は98℃30s、変性サイクル98℃10s、アニーリング温度を高めに設定する。伸張温度はTaqと同様。バッファの性質上PCR産物はExoSAP-IT処理による精製には適さないようなので、精製にはPEG沈やエタ沈を用いること。
20ul反応系で1サンプル当たり64円。Taqの約52倍の忠実性を持つ酵素。複写速度もTaqの約2倍と高速なため少量でPCRが可能。初期変性は98℃30s、変性サイクル98℃10s、アニーリング温度を高めに設定する。伸張温度はTaqと同様。バッファの性質上PCR産物はExoSAP-IT処理による精製には適さないようなので、精製にはPEG沈やエタ沈を用いること。国内では[第一化学|http://www.shiyaku-daiichi.jp/products/by_field/chapter1/1-1-1-426568.php]と[NEB|http://www.nebj.jp/]が取り扱っているが、希望価格では第一化学の方が若干安い。第一化学の[使用例|http://www.shiyaku-daiichi.jp/support/apps/finn/phf_top.htm]、[トラブルシューティング|http://www.shiyaku-daiichi.jp/support/apps/finn/phf0.htm]、[FAQ|http://www.shiyaku-daiichi.jp/support/faq/faq_phusion.htm]が参考になる。
*Hot Start用
-[Ampliqon TEMPase Hot Start DNA polymerase|https://www.funakoshi.co.jp/shiyaku/entry/3042.php]
20ul反応系で1サンプル当たり7円。熱変性で活性化するタイプなのでPCR時は最初の93〜95℃を長めにする。
-[TOYOBO anti-Taq high|http://www.toyobo.co.jp/seihin/xr/lifescience/products/product/pcr/archives/2006/09/antitaq_high.html]
20ul反応系で1サンプル当たり16円。常温下でTaqの働きを阻害するモノクローナル抗体。高温で変成しTaqの活性が戻る。事前に5U/ulのTaqと常温で混合して結合させておく。
-[TaKaRa Taq Antibody|http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C1402]
20ul反応系で1サンプル当たり20円。anti-Taqと同様の製品。
-[TaKaRa Taq Hot Start Version|http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C1399]
20ul反応系で1サンプル当たり54円。上記抗体と結合済のTaq。
-AppliedBiosystems AmpliTaq Gold & 10x PCR Gold Buffer
20ul反応系で1サンプル当たり56円。AmpliTaqは熱変性で活性化するタイプなのでPCR時は最初の93〜95℃を長めにする。
*LA-PCR Hot Start用
-[TaKaRa Ex-Taq Hot Start Version|http://bio.takara.co.jp/catalog/catalog_d.asp?C_ID=C1400]
20ul反応系で1サンプル当たり60円。Ex-TaqにTaqの働きを阻害する抗体を加えたもの。
-[TOYOBO Blend Taq Plus|http://www.toyobo.co.jp/seihin/xr/lifescience/products/product/pcr/archives/2006/09/blend_taqblend_taq_plus.html]
20ul反応系で1サンプル当たり42円。上記と同様にBlend Taqに抗体を加えたもの。
-[Finnzymes Phusion Hot Start High-Fidelity DNA Polymerase|http://www.finnzymes.com/pcr/phusion_hot_start_high_fidelity_dna_polymerase.html]
20ul反応系で1サンプル当たり76円。Phusionに抗体を加えることでHot Start用に調製したもの。
-[TOYOBO KOD FX|http://www.toyobo.co.jp/seihin/xr/lifescience/products/product/pcr/archives/2007/05/kod_fx.html]
20ul反応系で1サンプル当たり70円。KODポリメラーゼを改変して高速性を向上させてさらにHot Start用に調製されているもの。ただし忠実性はTaqの約10倍と[KOD Plus|http://www.toyobo.co.jp/seihin/xr/lifescience/products/product/pcr/archives/2006/09/kod_plus_kod_plus_ver2.html]の80倍の忠実性には劣る。忠実性を多少犠牲にして増幅成功率と速度を改善している。