分子遺伝学関連の変更点

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{{category リンク集}}
*分子遺伝学関連リンク集
　塩基・アミノ酸配列を扱う分子遺伝学関連のリンク集。
*オンラインリソース
**[BLAST|http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/blast-j.html]
　配列データベースからの相同性検索。
**[FASTA|http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta-j.html]
　同上。
**[SSEARCH|http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/ssearch-j.html]
　同上。
**[SQmatch|http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/sqmatch.html]
　正規表現で相同性検索。
**[GeneFisher|http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher/]
　PCR用プライマー設計補助サイト。
*ソフトウェア
**[Phred|http://www.phrap.org/]
　オートシーケンサからの出力波形を解析して配列を出力するプログラム。波形から配列のQuality値を算出することが可能。
**[ClustalW|ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/]
　累進法を採用したmultiple sequence alignment software。
**[PRRN|http://www.cbrc.jp/~gotoh/softdata.html]
　これもmultiple sequence alignment software。累進法に反復改善法を組み合わせている。出力は良いが演算は多い。
**[SAGA|http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/saga_home_page.html]
　これもmultiple sequence alignment software。累進法に、遺伝的アルゴリズムによる改善法を組み合わせている。演算量多し。
**[MAFFT|http://www.biophys.kyoto-u.ac.jp/~katoh/programs/align/mafft/]
　高速フーリエ変換を応用して大量のデータを高速に処理するmultiple sequence alignment software。
**[Muscle|http://www.drive5.com/muscle/]
　高速でreasonableな結果を出すmultiple sequence alignment software。
**[HMMer|http://hmmer.janelia.org/]
　アミノ酸配列に対して隠れマルコフモデルに基づく相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。
**[Infernal|http://infernal.janelia.org/]
　rRNA/tRNAをコードしている領域の塩基配列に対して相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。
**[Gblocks|http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks.html]
　multiple sequence alignmentからalignmentの信頼性の低い座位を探し出して除去するためのソフト。
**[trimAl|http://trimal.cgenomics.org/]
　Gblocksを発展させてパラメータ自動設定機能を充実させたようなもの。
**[CAP|ftp://cs.mtu.edu/pub/huang/]
　二つの配列を類似部分で接続するプログラム。
**[Phrap|http://www.phrap.org/]
　二つ以上の配列を類似部分で接続するプログラム。PhredによるQuality値を考慮することができる。
**[BioEdit|http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html]
　Windows用のmultiple sequence alignment editor。ClustalWが同梱されており、プログラム内から呼び出してアライメントが可能。ABI/SCF形式の波形解析もできる。系統解析ソフトもいくつか付いており、これだけで十分という人もいる。
**[SeaView|ftp://biom3.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/]
　multiple sequence alignment editor。WindowsだけでなくMac、UNIXでも動作する。アライメントにはClustalWを採用している。
**[SeqPup|http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/seqpup/]
　multiple sequence alignment editor。C++版とJava版がある。
**[GeneAlign|http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb2/genealign/]
　multiple sequence alignment editor。ClustalWを呼び出す。Javaプログラム。
**[Jalview|http://www.jalview.org/]
　Javaプログラムなmultiple sequence alignment editor。アライメントのクオリティを図示してくれる。ただし私の環境でデフォルト設定ではプロポーショナルフォントになっているようで表示がおかしかった。カラー表示にすると正常に表示された。
**[Sequence Analysis|http://informagen.com/SA/]
　Java製のPrimerデザイン支援用ソフト。
**[ESPript|http://prodes.toulouse.inra.fr/ESPript/ESPript/]
　multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。
**[BoxShade|http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html]
　multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。
**[DNArates|http://rdp.cme.msu.edu/download/programs/DNArates/]
　サイトごとの塩基置換速度を求めるプログラム。
**[EMBOSS|ftp://ftp.uk.embnet.org/pub/EMBOSS/]
　塩基配列操作ユーティリティの詰め合わせ。[Windows版はここ。|http://perso.wanadoo.fr/ablavier/embosswin/embosswin.html]
**[ncbitools|ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/]
　NCBIのプログラムとか色々。BLASTも入っている。
**[FASTA|ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/]
　著名なホモロジーサーチプログラム。
**[ReadSeq|ftp://ftp.bio.indiana.edu/molbio/readseq/]
　塩基配列フォーマット相互変換プログラム。
**[BioPerl|http://www.bioperl.org/]
　主に配列操作用のPerlモジュール集。
**[BioRuby|http://bioruby.org/]
　同じくRubyモジュール集。
**[BioPython|http://www.biopython.org/]
　同じくPythonモジュール集。
**[BioJava|http://www.biojava.org/]
　同じくJavaクラス集。