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{{category リンク集}}
*系統学関連リンク集
系統学・系統解析に関するサイトへのリンク集。網羅的なのがお望みであればPHYLIPのサイトにあるPhylogeny Programsのページをご覧あれ。
*ソフトウェア
**[PAUP*|http://paup.csit.fsu.edu/]
定番の系統解析ソフトウェア。最尤法、最節約法、距離行列法で系統推定が可能。多くの塩基置換モデルに対応している。
**[PHYML|http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/]
最尤法による高速な系統推定プログラム。フリーな系統推定ソフトの中では最も多くのモデルに対応している。最新版3.0でこれまでのNNI樹形探索だけでなくより広範囲を探索するSPRにも正式に対応した。
**[Treefinder|http://www.treefinder.de/]
最尤法に対応している系統推定ソフト。系統樹の描画とPostScriptファイルへの出力などの機能があり、便利。分岐年代の推定もできる。mixed modelにも対応している。モデル選択や仮説検定にも対応しており、使い勝手と機能が両方とも秀でている。ただマルチスレッドやクラスタへの対応がなされておらず、大規模解析に使うには向かない。系統推定そのものはかなり高速。
**[GARLI|http://www.bio.utexas.edu/faculty/antisense/garli/Garli.html]
遺伝的アルゴリズムを用いた最尤系統推定ソフトウェア。MPIに対応しており、クラスタやスパコンで走らせることが可能。mixed modelにも対応。
**[RAxML|http://icwww.epfl.ch/%7estamatak/index-Dateien/Page443.htm]
現状最速の最尤系統推定ソフトウェア。MPI対応。mixed modelにも対応している。
**[FastTree|http://www.microbesonline.org/fasttree/]
非常に高速な最尤系統推定ソフトウェア。並列化無しなら使える分子進化モデルは限られるものの最速。
**[Phase|http://umber.sbs.man.ac.uk/resources/phase/]
RNA遺伝子領域用の分子進化モデルによく対応している最尤・MCMCベイジアン系統推定用ソフトウェア。mixed modelにも対応している。
**[PHYLIP|http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html]
系統推定ソフトウェアパッケージ。最節約法、近隣結合法、最尤法など、一通りのことはできるが、新しい塩基置換モデルを利用した最尤法は扱えない。
**[MOLPHY|ftp://ftp.ism.ac.jp/pub/ISMLIB/MOLPHY/]
最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。有用なPerlスクリプトも同梱されている。系統樹をPostScriptに出力することもできる。
**[TREE-PUZZLE|http://www.tree-puzzle.de/]
最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。quartet puzzling algorithmを使い、最尤法を使うものの中では比較的高速。塩基置換の不均一性をGamma分布を用いて考慮することも可能。
**[BAli-Phy|http://www.biomath.ucla.edu/~msuchard/bali-phy/]
アライメントを最適化しながらベイジアン系統推定するソフト。
**[ALIFRITZ|http://www.cibiv.at/software/alifritz/]
アライメントと系統推定を同時に行うソフト。
**[StatAlign|http://phylogeny-cafe.elte.hu/StatAlign/]
同上。
**[fastDNAml|http://rdp.cme.msu.edu/download/programs/fastDNAml/]
PHYLIPのDNAmlのアルゴリズムを改善して高速化したもの。
**[PAML|http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html]
最尤法とベイズ法に特化した系統推定ソフトウェアパッケージ。機能は多いが樹形探索は弱いため主に仮説検定や分岐年代推定に用いる。
**[MrBayes|http://mrbayes.csit.fsu.edu/]
MCMC(マルコフ連鎖モンテカルロ)法を用いてベイジアン系統推定するプログラム。MPIに対応しており、大規模解析が可能。mixed modelにも対応している。
**[BEST|http://www.stat.osu.edu/~dkp/BEST/]
複数領域の配列データから各領域のGene Treesを推定し、それらからさらにSpecies Treeを推定するベイズ系統推定ソフトウェア。
**[Phybase|http://www.stat.osu.edu/~liuliang/research/phybase.html]
Gene TreesからSpecies Treeを推定したりできるRパッケージ。
**[AUGIST|http://www.lycaenid.org/augist/]
与えられたGene TreesからSpecies Treesを推定するMesquiteの拡張パッケージ。
**[BEAST|http://beast.bio.ed.ac.uk/]
MCMC法を利用して系統樹・分岐年代の推定などを行うJavaプログラム。
**[TNT|http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/]
高速最節約系統推定ソフトウェア。Windows・MacOS X・Linux(32/64bit)に対応。MacOS XとLinuxではPVMによる並列化にも対応している。Willi Hennig Societyの支援で個人用途無償化がなされました。
**[POY|http://research.amnh.org/scicomp/projects/poy.php]
アライメントと系統推定を反復改善していく動的最適化法に対応した最節約系統推定ソフトウェア。Windows・MacOS X・Linux版の公式バイナリが配布されています。PVMによる並列化にも対応。ソースコードも配布されていますので自前でコンパイルすれば大抵の環境で動作するでしょう。
**[SplitsTree4|http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/splitstree4/welcome.html]
系統ネットワーク推定用ソフトウェア。Java製。
**[MEGA|http://www.megasoftware.net/]
Windows用の系統推定ソフトウェア。近隣結合法などの距離行列法に対応。同梱のTreeExplorerはカッチョイイ円形の系統樹を描ける。
**[TOPALi|http://www.topali.org/]
アライメント編集・モデル選択・系統推定に対応したグラフィカルなソフトウェア。Javaで書かれているためマルチプラットフォーム対応。
**[Bosque|http://bosque.udec.cl/]
多重配列アライメント・モデル選択・系統推定に対応したグラフィカルソフトウェア。Javaで書かれている。
**[EPoS|http://www.bio.informatik.uni-jena.de/epos/]
データや系統樹の可視化と系統推定を行うためのグラフィカルソフトウェア。
**[Unipro UGENE|http://ugene.unipro.ru/]
データの編集・アライメント・系統推定を行うためのグラフィカルソフトウェア。
**[ModelTest|http://darwin.uvigo.es/software/modeltest.html]
塩基置換モデル選択用ソフトウェア。PAUP*が必要。
**[ProtTest|http://darwin.uvigo.es/software/prottest.html]
アミノ酸置換モデル選択用ソフト。
**[ModelGenerator|http://bioinf.may.ie/software/modelgenerator/]
塩基・アミノ酸置換モデル選択用ソフト。Java上で走る。単体で動作。
**[MrAIC.pl|http://www.ebc.uu.se/systzoo/staff/nylander.html]
塩基置換モデル選択用Perlスクリプト。MrBayes用設定コマンドを出力する。PHYMLが必要。
**[MrModeltest|http://www.ebc.uu.se/systzoo/staff/nylander.html]
塩基置換モデル選択用スクリプト。MrBayes用設定コマンドを出力する。PAUP*が必要。
**[Kakusan|http://www.fifthdimension.jp/products/kakusan/]
私が開発した塩基置換モデル選択スクリプト。PAUP*もしくはPAML内のbasemlを用いて尤度計算し、最適モデルを選択する。複数領域がある場合は各領域ごとにモデル選択可能。PAUP*、MrBayes、Treefinder用の自動設定ファイルを出力する。
**[NJplot|http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html]
系統樹可視化プログラム。私の環境では不安定。
**[TreeView X|http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/]
系統樹可視化プログラム。Windows、UNIX、MacOS Xに対応。
**[Mesquite|http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html]
Javaな系統解析ソフトウェア。ツリーやチャートの編集、祖先形質復元、多変量統計解析など。
**[TREEME|http://science.do-mix.de/software_treeme.php]
Windows用系統樹描画・編集ソフトウェア。有料。
**[TreeDyn|http://www.treedyn.org/]
系統樹描画・編集ソフトウェア。Java製。
**[FigTree|http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=figtree]
系統樹描画・編集ソフトウェア。Java製。
**[MrEnt|http://www.nrm.se/researchandcollections/zoology/vertebratezoology/birds/mrent.4.5fdc727f10d795b1c6e80007344.html]
系統樹描画・編集用ソフトウェア。簡易ドローイング機能もあり、様々な注釈を書き加えられる。ただしWindows専用で.NET Framework 1.1が必要。入力ファイル形式はNEXUS。編集結果は独自形式のファイルに保存できるほか、PDF・EMF・BMP・PNGで出力可能。
**[TreeIllustrator|http://nexus.ugent.be/geert/]
系統樹描画・編集ソフトウェア。Java製。入力はNEXUS/Newick両対応。枝の色分けとクレード支持率の表示が可能で、編集結果をJPEGやPostScriptへ出力可能。
**[Paloverde|http://loco.biosci.arizona.edu/paloverde/paloverde.html]
3D系統樹描画ソフト。
**[Walrus|http://www.caida.org/tools/visualization/walrus/]
3D系統樹描画用にも使える3次元グラフ可視化ソフトウェア。グリグリ回せます。
**[phylo3D|http://www.ii.uib.no/~tim/frontPages/conversionToolPage.shtml]
Walrus用樹形ファイル形式変換ツール。
**[TreeStat|http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=treestat]
系統樹の様々な性質を表す指標を計算するソフトウェア。
**[r8s|http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/]
LF法、NPRS法、PL法による分岐年代の推定ソフト。
**[PhyBayes|http://binf01.bioinformatics.uottawa.ca/~stephane/stephane_nobs.html]
MCMCを応用した分岐年代のベイズ推定を行うソフトウェア。
**[Multidivtime|http://statgen.ncsu.edu/thorne/multidivtime.html]
階層ベイズモデルに基づいて分岐年代のMCMCベイズ推定を行うソフトウェア。
**[T3 (Thornian Time Traveler)|http://abacus.gene.ucl.ac.uk/]
Multidivtimeの改変版。中でやっている計算はほぼ同じ。
**[CodonRates|http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~seo/software.htm]
同義置換速度・非同義置換速度・同義置換/非同義置換比(Omega)を同時推定するタンパクコード領域データ用分岐年代推定ソフト。
**[PATHd8|http://www.math.su.se/PATHd8/]
Mean-Path-Length法による分岐年代推定用ソフトウェア。
**[CONSEL|http://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/consel/index.html]
比較したい系統樹と、それぞれの樹形における座位毎の尤度(site-wise likelihoods)を与えることで、RELL法によるマルチスケールブートストラップを用いて系統樹を統計的に比較するためのソフトウェア。
**[PhyloBayes|http://www.phylobayes.org/]
BayesPhylogeniesと同様のモデル(CATモデルと呼んでいる)を実装したベイジアン系統推定ソフトウェア。さらに系統樹上での置換モデルの変化を許すBreak-Pointモデルを加えた[nhPhyloBayes|http://www.lirmm.fr/~blanquar/nh_phylobayes/]というものも開発されている。無印版では、multidivtimeのように隣接枝間での進化速度自己相関を仮定した分岐年代推定もサポートしている。
**[BayesPhylogenies|http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesPhy.html]
パーティション分割を系統樹の尤度に最適化することでデータから決定するように実装したベイジアン系統推定ソフトウェア。
**[BayesTraits|http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesTraits.html]
祖先形質のベイズ推定ソフトウェア。バイナリデータのみならず多数の形質状態も扱えます。離散・連続的な形質の両方に対応。
**[PaupUp|http://www.agro-montpellier.fr/sppe/Recherche/JFM/PaupUp/]
PAUP*のWindows用GUIラッパー。
**[Bininda-Emonds氏のPerlスクリプト集|http://www.personal.uni-jena.de/~b6biol2/ProgramsMain.html]
樹形ファイルや配列ファイル処理用のPerlスクリプトが色々。
**[DT-ModSel|http://www.webpages.uidaho.edu/~jacks/DTModSel.html]
Minin et al. (2003)の方法によるモデル選択用Perlスクリプト。
**[SeqState|http://systevol.nees.uni-bonn.de/software/SeqState]
Primer設計とIndel符号化のためのソフトウェア。
**[Seq-Gen|http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seqgen/]
系統樹と分子進化モデルから配列をモンテカルロシミュレーションによって生成するソフトウェア。
**[Dawg|http://scit.us/projects/dawg/]
欠失・挿入も含めてシミュレーションによって生成するソフトウェア。
**[indel-Seq-Gen|http://bioinfolab.unl.edu/~cstrope/iSG/]
タンパクコード領域のデータ配列を欠失・挿入も含めてシミュレーションによって生成するソフトウェア。
**[EvolveAGene3|http://homepage.mac.com/barryghall/Software.html]
同上。
**[Clann|http://bioinf.may.ie/software/clann/]
多数の系統樹からSuperTreeを様々な方法で作成することができるソフトウェア。
**[Phylocom|http://phylodiversity.net/phylocom/]
系統的群集構造解析用ソフト。
**[POPE|http://www.well.ox.ac.uk/~tota/pope/]
OrthologueとParalogueを区別するためのソフトらしい。
*Webリソース
**[PhyloWidget|http://www.phylowidget.org/]
系統樹の描画・閲覧用Webサイト。
**[Testing for the Node-Density Artefact|http://www.evolution.rdg.ac.uk/pe/index.html]
タクソンサンプリング密度の違いに起因するアーティファクトを検出するためのWebフォーム。