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{{category 実験プロトコル}}
*DNAアガロースゲル電気泳動概要
PCR産物を1〜2%アガロースゲル内で電気泳動することにより、鎖長ごとに分離する(長いほどアガロース内の移動速度が落ちる)。ゲル切りを行ってDNAを回収することも可能。ただしその際は紫外線を当てすぎないように注意。
*DNAアガロースゲル電気泳動
PCR産物を1〜2%アガロースゲル内で電気泳動することにより、鎖長ごとに分離する(長いほどアガロース内の移動速度が落ちる)。ゲル切りを行ってDNAを回収することも可能。ただしその際は紫外線を当てすぎないように注意。
*必要なもの
-適当なチューブ 1本以上 or パラフィルム
-アガロース 適量
-1x TAE 20〜80ml
-1,000x SYBR Gold or SYBR Safe DMSO溶液 10〜40ul + 1x TAE 適量
-PCR産物 2ul
-1.5x loading dye 4ul /sample+マーカー
-ラダーマーカー 2ul
*手順
+ビンにアガロース 適量と1x TAEを必要量の1/2強入れて電子レンジで加熱
+アガロースが溶けたら残りの1x TAEを加えて混ぜ、型に流し込む
+PCR産物をスピンダウン
+1.5x loading dye 4ul x(サンプル数+1)にPCR産物 2ulを加える
+固まったゲルを泳動槽にセット
+4とラダーマーカーをゲルの穴にapply
+泳動槽のふたをきっちり閉めてから極性方向に注意して電源ON (電極付近から気泡が発生しているかよく確認すること)
+適当な時間電気泳動を行う
+ゲル型に1x TAE 適量(ゲル作成に要した量の半分)を入れ1,000x SYBR Gold or SYBR Safe DMSO溶液を1xになるよう混合 (SYBR Safeの希釈済TAE溶液の場合はそのまま使う)
+ゲルをゲルトレイから外して9に漬け込む
+アルミホイルを被せて1時間以上放置(時々揺すると良い)
+トランスイルミネータでUVか青色光を当てて泳動像を確認
SYBR Safeの場合は1xになるようにゲルに混合してしまってもよい(これをプレキャストとかプレステインと呼ぶ)。SYBR Goldではプレキャストすると泳動像が乱れてしまうのでできない。