分子遺伝学関連の変更点

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{{category リンク集}}

*分子遺伝学関連リンク集
　塩基・アミノ酸配列を扱う分子遺伝学関連のリンク集。
*オンラインリソース
**[BLAST|http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/blast-j.html]
　配列データベースからの相同性検索。
**[FASTA|http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta-j.html]
　同上。
**[SSEARCH|http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/ssearch-j.html]
　同上。
**[SQmatch|http://sqmatch.ddbj.nig.ac.jp/sqmatch.html]
　正規表現で相同性検索。
**[GeneFisher|http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher/]
　PCR用プライマー設計補助サイト。
*ソフトウェア

**[Genetic Data Environment (GDE) for Linux|http://www.bioafrica.net/GDElinux/]

　Linux用統合解析環境ソフトウェア。プラグインファイルを追加することで他のプログラムをメニューから呼び出せるようになる。MacOS X版もあり。

**[Phred|http://www.phrap.org/]

　オートシーケンサからの出力波形を解析して配列を出力するプログラム。波形から配列のQuality値を算出することが可能。

**[ClustalW|ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/]

　累進法を採用したmultiple sequence alignment software。

**[PRRN|http://www.cbrc.jp/~gotoh/softdata.html]

　これもmultiple sequence alignment software。累進法に反復改善法を組み合わせている。出力は良いが演算は多い。

**[SAGA|http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/saga_home_page.html]

　これもmultiple sequence alignment software。累進法に、遺伝的アルゴリズムによる改善法を組み合わせている。演算量多し。

**[MAFFT|http://www.biophys.kyoto-u.ac.jp/~katoh/programs/align/mafft/]
　高速フーリエ変換を応用して大量のデータを高速に処理するmultiple sequence alignment software。
**[Muscle|http://www.drive5.com/muscle/]
　高速でreasonableな結果を出すmultiple sequence alignment software。
**[HMMer|http://hmmer.janelia.org/]
　アミノ酸配列に対して隠れマルコフモデルに基づく相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。
**[Infernal|http://infernal.janelia.org/]
　rRNA/tRNAをコードしている領域の塩基配列に対して相同性検索やprofile alignmentを行うソフト。
**[Gblocks|http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks.html]
　multiple sequence alignmentからalignmentの信頼性の低い座位を探し出して除去するためのソフト。
**[trimAl|http://trimal.cgenomics.org/]
　Gblocksを発展させてパラメータ自動設定機能を充実させたようなもの。
**[CAP|ftp://cs.mtu.edu/pub/huang/]

　二つの配列を類似部分で接続するプログラム。

**[Phrap|http://www.phrap.org/]

　二つ以上の配列を類似部分で接続するプログラム。PhredによるQuality値を考慮することができる。

**[BioEdit|http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html]

　Windows用のmultiple sequence alignment editor。ClustalWが同梱されており、プログラム内から呼び出してアライメントが可能。ABI/SCF形式の波形解析もできる。系統解析ソフトもいくつか付いており、これだけで十分という人もいる。ただし長い間更新されておらず現在では時代遅れな部分が見受けられる。

　Windows用のmultiple sequence alignment editor。ClustalWが同梱されており、プログラム内から呼び出してアライメントが可能。ABI/SCF形式の波形解析もできる。系統解析ソフトもいくつか付いており、これだけで十分という人もいる。
**[SeaView|ftp://biom3.univ-lyon1.fr/pub/mol_phylogeny/seaview/]

　multiple sequence alignment editor。WindowsだけでなくMac、UNIXでも動作する。アライメントにはClustalWを採用している。

**[SeqPup|http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/seqpup/]

　multiple sequence alignment editor。C++版とJava版がある。

**[GeneAlign|http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/geneweb2/genealign/]

　multiple sequence alignment editor。ClustalWを呼び出す。Javaプログラム。

**[Jalview|http://www.jalview.org/]

　Javaプログラムなmultiple sequence alignment editor。アライメントのクオリティを図示してくれる。ただし私の環境でデフォルト設定ではプロポーショナルフォントになっているようで表示がおかしかった。カラー表示にすると正常に表示された。

**[Sequence Analysis|http://informagen.com/SA/]
　Java製のPrimerデザイン支援用ソフト。
**[ESPript|http://prodes.toulouse.inra.fr/ESPript/ESPript/]

　multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。

**[BoxShade|http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html]

　multiple sequence alignmentをPostScript出力してくれるソフトウェア。

**[DNArates|http://rdp.cme.msu.edu/download/programs/DNArates/]

　サイトごとの塩基置換速度を求めるプログラム。

**[EMBOSS|ftp://ftp.uk.embnet.org/pub/EMBOSS/]

　塩基配列操作ユーティリティの詰め合わせ。[Windows版はここ。|http://perso.wanadoo.fr/ablavier/embosswin/embosswin.html]

**[ncbitools|ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/]

　NCBIのプログラムとか色々。BLASTも入っている。

**[Entrez|ftp://ncbi.nlm.nih.gov/entrez/]

　NCBIデータベースの統合検索ソフトウェア。

**[FASTA|ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/]

　著名なホモロジーサーチプログラム。

**[ReadSeq|ftp://ftp.bio.indiana.edu/molbio/readseq/]

　塩基配列フォーマット相互変換プログラム。

**[BioPerl|http://www.bioperl.org/]

　主に配列操作用のPerlモジュール集。

**[BioRuby|http://bioruby.org/]

　同じくRubyモジュール集。

**[BioPython|http://www.biopython.org/]

　同じくPythonモジュール集。

**[BioJava|http://www.biojava.org/]

　同じくJavaクラス集。