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{{category 系統解析のための色々}}
*系統樹上のOTU間距離を求める
せっかく系統解析を行っているのに、系統樹上の距離ではなく、対比した遺伝距離を使って解析を行っている例がしばしば見られます。系統樹上の距離は多重置換の検出なども行われており解析に使用するにはより適していると考えられますが、系統樹上の距離を距離行列に書き出す方法が無いからではないかと思います(最近、Treefinderでできるようになりました)。というわけで系統樹の枝長から、各OTU間の距離を求め、距離行列として出力するPerlスクリプトを作成しました。相対速度検定やブートストラップ相対速度検定、ブートストラップ二つのクラスター検定なんかにも使えます。
*License
This script is distributed under GNU GPL.
本スクリプトは、GNU GPLに基づいて配布されています。
*決まり文句
例によって例のごとく内容は無保証なので要注意。このページの情報に従って何らかの損害が出ても補償できませんのであしからず。要するに自己の責任において実行してちょうだいねということです。
*概要
せっかく系統解析を行っているのに、系統樹上の距離ではなく、対比した遺伝距離を使って解析を行っている例がしばしば見られます。系統樹上の距離は多重置換の検出なども行われており解析に使用するにはより適していると考えられますが、系統樹上の距離を距離行列に書き出す方法が無いからではないかと思います(最近、Treefinderでできるようになりました)。というわけで系統樹の枝長から、各OTU間の距離を求め、距離行列として出力するPerlスクリプトを作成しました。相対速度検定やブートストラップ相対速度検定、ブートストラップ二つのクラスター検定なんかにも使えます。
*必要なもの
-Perl
スクリプトを実行するために必要。WindowsではActivePerlでOK。
*スクリプト
-http://www.fifthdimension.jp/products/distontree/
からダウンロードできます。
*使用方法
枝長が入っていてブートストラップ値などのノードラベルの無いAltNEXUS形式樹形ファイルを用意し、
perl distontree.pl ファイル名
とします。すると、以下のファイルが出力されます。
-入力ファイル名.dist
タブ区切りテキスト形式の距離行列ファイル。
ということで、ご入り用の方はどうぞ。