ユニバーサルプライマーの変更点

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{{category 系統解析のための色々}}

*ユニバーサルプライマー
　各分類群用のユニバーサルプライマーを挙げておく。

*細菌16S用
-F 515FB GTGYCAGCMGCCGCGGTAA Parada et al. (2016)
-R 806RB GGACTACNVGGGTWTCTAAT Apprill et al. (2015)
-R 926R CCGYCAATTYMTTTRAGTTT Liu et al. (1997)

*真核18S用
-F Euk1391f GTACACACCGCCCGTC Amaral-Zettler et al. (2009)
-R EukBr TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC Amaral-Zettler et al. (2009)
-Blocking Mammal_block_I-short_1391f GCCCGTCGCTACTACCGATTGGIIIIITTAGTGAGGCCCT-C3sp Earth Microbiome Project

*真菌ITS用
-F ITS1-F_KYO1 CTHGGTCATTTAGAGGAASTAA Toju et al. (2011)
-R ITS2_KYO2 TTYRCTRCGTTCTTCATC Toju et al. (2011)

*動物COI用
-F jgLCO1490 TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG Geller et al. (2013)
-R mlCOIintR GGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC Leray et al. (2013)
-F mlCOIintF GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC Leray et al. (2013)
-R jgHCO2198 TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA Geller et al. (2013)

　なお、Iはデオキシイノシンである。ACGTのいずれの塩基とも結合する(結合力は異なるが)万能塩基である。合成料金は高くなる。
*魚類12S用
-F MiFish-U-F GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC Miya et al. (2015)
-R MiFish-U-R CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG Miya et al. (2015)
-F MiFish-E-F GTTGGTAAATCTCGTGCCAGC Miya et al. (2015)
-R MiFish-E-R CATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG Miya et al. (2015)
　MiFish-UとMiFish-Eは混合して用いる。