メルセンヌツイスターによる乱数でブートストラップリサンプリングの変更点

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{{category 系統解析のための色々}}

*メルセンヌツイスターによる乱数でブートストラップリサンプリング

　系統解析におけるブートストラップリサンプリングでは、多くの場合、乱数に線形合同法が用いられています。今ではあまりよろしくないと言われている方法です。そこで、メルセンヌツイスター法による乱数に基づいてブートストラップリサンプリングを行うPerlスクリプトを書いてみました。

*License

This script is distributed under GNU GPL.

本スクリプトは、GNU GPLに基づいて配布されています。

*決まり文句

　例によって例のごとく内容は無保証なので要注意。このページの情報に従って何らかの損害が出ても補償できませんのであしからず。要するに自己の責任において実行してちょうだいねということです。

*概要

　系統解析におけるブートストラップリサンプリングでは、多くの場合、乱数に線形合同法が用いられています。今ではあまりよろしくないと言われている方法です。そこで、メルセンヌツイスター法による乱数に基づいてブートストラップリサンプリングを行うPerlスクリプトを書いてみました。

*必要なもの

-Perl

　スクリプトを実行するために必要。WindowsではActivePerlでOK。

-Math::Random::MT (Perlモジュール)

　スクリプトを実行するために必要。ActivePerlでは

 ppm install Math-Random-MT

でインストールできます。その他のPerlでは、

 perl -MCPAN -e shell
 install Math::Random::MT
 q

みたいな感じで。

*スクリプト

-http://www.fifthdimension.jp/products/bootseqMT/

からダウンロードして下さい。

*使用方法

　まず、PAMLやPHYML、PHASEで利用可能なOTU名文字数制約の緩いPHYLIP形式(OTU名とデータとの区切りはスペースになっているもの。OTU文字列は10文字でなくてよい)のファイルを用意し、

 perl bootseqMT.pl replicate=レプリケート数 ファイル名

とします。すると、以下のファイルが出力されます。

-入力ファイル名.boot.phy

　リサンプリングした配列データ。

　ということで、ご入り用の方はどうぞ。