鐃祝誌申鐃緒申鐃緒申鐃淳ノ誌申鐃緒申鐃緒申侫鐃緒申鐃緒申鐃緒申鐃緒申鐃緒申鐃術器申の変更履歴

検索

PCクラスタ

• NFSROOTによるディスクレスブート環境の構築
• NICのbondingによる負荷分散
• iSCSI+OCFS2で高速共有ディスク
• mdadmによるRAID
• temp

Perl

• File::Spec
• Math::Random::MT::Auto
• Parallel::MPI::Simpleによる並列処理
• fork()による疑似マルチスレッド

トビケラ

• 日本産カクツツトビケラ

リンク集

• 形態測定学関連
• 系統学関連
• 古地理・古気候学関連
• 集団遺伝学関連
• 分子遺伝学関連

系統解析

• MrBayesによるベイジアン系統推定
• PAUP*による最尤系統推定
• 複数遺伝子領域を用いた系統解析のための塩基置換モデル選択
• 分子系統樹推定の落とし穴と回避法

系統解析のための色々

• 2地点の緯度・経度から距離を計算する
• GenBank形式配列から特定遺伝子を切り出す
• Illumina用アダプター付きプライマー
• Illumina用インデックス付きプライマー
• Non-InterleavedなPHYLIPファイルを作る
• ZaurusでEMBOSS
• ZaurusでStaden Package
• phredによるベースコール
• アライメントのコツ
• タンパクコード領域塩基配列のマルチプルアライメント
• メルセンヌツイスターによる乱数でブートストラップリサンプリング
• ユニバーサルプライマー
• 塩基配列からアミノ酸配列への翻訳
• 核酸・アミノ酸配列ファイル形式の変換
• 系統樹上のOTU間距離を求める
• 同樹形・不等枝長の複数系統樹から平均枝長の系統樹を作成する

実験プロトコル

• 0.1M Tris-HCl pH6.4
• 10xシーケンスバッファ
• 13% PEG + 1.6M NaCl溶液
• 1M NaCl溶液
• 1Mクエン酸ナトリウム溶液
• 20% PEG + 2.5M NaCl溶液
• 2x CTAB
• 3M 酢酸ナトリウム pH5.2
• AMPureXPによるサイズ選択
• AMPureXPによる濃度均一化
• AMPureXPもどき
• Binding Buffer
• Buffer QBT
• CTAB×フェノクロによるDNA抽出
• DNAzolによるDNA抽出
• DNAアガロースゲル電気泳動
• ExoSAP-IT処理
• Insect Lysis Buffer
• PCR
• PCR with Phusion
• PCRプライマーの設計
• PCR用10xローディングバッファ
• PCR用試薬
• PEG沈
• RNAlaterもどき
• Wash Buffer
• シーケンス反応
• スピンカラムによるDNA抽出
• スピンカラムの再生
• プレート遠心機による排液
• 次亜塩素酸漂白による滅菌処理

進化学会

• 進化学夏の学校2010：新しい分子系統解析論：データ作成から祖先形質復元まで
• 進化学夏の学校2017：加速する分類学と系統学

生態学会

• シンポジウム2012：白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎
• 自由集会2009：進化生態学のための分子系統樹の推定と応用
• 自由集会2016：メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法
• 統計合宿2006

定番ソフトウェア

• NGSデータプリプロセッシング
• RAD-Seqデータ解析
• RNA-seqデータ解析
• デノボゲノムアセンブル
• メタゲノムアンプリコンシーケンス解析
• リシーケンス
• 遺伝子予測
• 多重配列整列
• 配列クラスタリング

統計解析ソフトR

• Rメモ
• ZaurusでR
• glm()とlmer()で尤度比検定

最近の更新

2021/4/20

• FrontPage

2019/7/7

• Illumina用アダプター付きプライマー

2019/1/18

• Illumina用インデックス付きプライマー

2018/7/26

• PCR用10xローディングバッファ

2017/12/7

• LibreOfficeテンプレート

2017/10/10

• AMPureXPもどき

2017/9/1

• スピンカラムの再生

2017/8/31

• Buffer QBT

2017/8/25

• 進化学夏の学校2017：加速する分類学と系統学

2017/7/26

• スピンカラムによるDNA抽出
• Wash Buffer
• Binding Buffer
• 0.1M Tris-HCl pH6.4
• 1M NaCl溶液
• 13% PEG + 1.6M NaCl溶液
• Insect Lysis Buffer
• 20% PEG + 2.5M NaCl溶液

2017/7/15

• ユニバーサルプライマー
• RNAlaterもどき
• 1Mクエン酸ナトリウム溶液
• AMPureXPによる濃度均一化
• AMPureXPによるサイズ選択

2017/7/14

• 次亜塩素酸漂白による滅菌処理

2017/4/23

• iSCSI+OCFS2で高速共有ディスク
• mdadmによるRAID

2016/3/30

• 自由集会2016：メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法

2014/2/19

• 遺伝子予測
• メタゲノムアンプリコンシーケンス解析
• 配列クラスタリング
• 多重配列整列
• RAD-Seqデータ解析
• デノボゲノムアセンブル
• NGSデータプリプロセッシング
• RNA-seqデータ解析
• リシーケンス

2012/5/31

• temp

2012/3/8

• シンポジウム2012：白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎

2012/1/12

• NFSROOTによるディスクレスブート環境の構築

2012/1/7

• NICのbondingによる負荷分散

2011/10/7

• rsync over SSH＋cronで定期リモートバックアップ

2011/4/14

• 分子系統樹推定の落とし穴と回避法

2010/8/28

• PluginHelp

2010/8/17

• 進化学夏の学校2010：新しい分子系統解析論：データ作成から祖先形質復元まで

2010/6/9

• 分子遺伝学関連

2010/5/20

• Help/WalWiki

2010/2/3

• 系統学関連

2009/12/22

• 自由集会2009：進化生態学のための分子系統樹の推定と応用

2009/11/20

• 複数遺伝子領域を用いた系統解析のための塩基置換モデル選択
• PAUP*による最尤系統推定
• MrBayesによるベイジアン系統推定

2009/7/7

• Parallel::MPI::Simpleによる並列処理

2009/7/6

• fork()による疑似マルチスレッド
• File::Spec
• Math::Random::MT::Auto