{{category 定番ソフトウェア}}
*アセンブラ
**[Trinity|http://trinityrnaseq.sourceforge.net/]
**[Trans-ABySS|http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/trans-abyss]
*マッパー
**[TopHat|http://tophat.cbcb.umd.edu/]
*定量
**[Cufflinks|http://cufflinks.cbcb.umd.edu/]