MrBayesによるベイジアン系統推定の変更履歴

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• iSCSI+OCFS2で高速共有ディスク
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Perl

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• Parallel::MPI::Simpleによる並列処理
• fork()による疑似マルチスレッド

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系統解析

• MrBayesによるベイジアン系統推定
• PAUP*による最尤系統推定
• 複数遺伝子領域を用いた系統解析のための塩基置換モデル選択
• 分子系統樹推定の落とし穴と回避法

系統解析のための色々

• 2地点の緯度・経度から距離を計算する
• GenBank形式配列から特定遺伝子を切り出す
• Illumina用アダプター付きプライマー
• Illumina用インデックス付きプライマー
• Non-InterleavedなPHYLIPファイルを作る
• ZaurusでEMBOSS
• ZaurusでStaden Package
• phredによるベースコール
• アライメントのコツ
• タンパクコード領域塩基配列のマルチプルアライメント
• メルセンヌツイスターによる乱数でブートストラップリサンプリング
• ユニバーサルプライマー
• 塩基配列からアミノ酸配列への翻訳
• 核酸・アミノ酸配列ファイル形式の変換
• 系統樹上のOTU間距離を求める
• 同樹形・不等枝長の複数系統樹から平均枝長の系統樹を作成する

実験プロトコル

• 0.1M Tris-HCl pH6.4
• 10xシーケンスバッファ
• 13% PEG + 1.6M NaCl溶液
• 1M NaCl溶液
• 1Mクエン酸ナトリウム溶液
• 20% PEG + 2.5M NaCl溶液
• 2x CTAB
• 3M 酢酸ナトリウム pH5.2
• AMPureXPによるサイズ選択
• AMPureXPによる濃度均一化
• AMPureXPもどき
• Binding Buffer
• Buffer QBT
• CTAB×フェノクロによるDNA抽出
• DNAzolによるDNA抽出
• DNAアガロースゲル電気泳動
• ExoSAP-IT処理
• Insect Lysis Buffer
• PCR
• PCR with Phusion
• PCRプライマーの設計
• PCR用10xローディングバッファ
• PCR用試薬
• PEG沈
• RNAlaterもどき
• Wash Buffer
• シーケンス反応
• スピンカラムによるDNA抽出
• スピンカラムの再生
• プレート遠心機による排液
• 次亜塩素酸漂白による滅菌処理

進化学会

• 進化学夏の学校2010：新しい分子系統解析論：データ作成から祖先形質復元まで
• 進化学夏の学校2017：加速する分類学と系統学

生態学会

• シンポジウム2012：白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎
• 自由集会2009：進化生態学のための分子系統樹の推定と応用
• 自由集会2016：メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法
• 統計合宿2006

定番ソフトウェア

• NGSデータプリプロセッシング
• RAD-Seqデータ解析
• RNA-seqデータ解析
• デノボゲノムアセンブル
• メタゲノムアンプリコンシーケンス解析
• リシーケンス
• 遺伝子予測
• 多重配列整列
• 配列クラスタリング

統計解析ソフトR

• Rメモ
• ZaurusでR
• glm()とlmer()で尤度比検定

最近の更新

2021/4/20

• FrontPage

2019/7/7

• Illumina用アダプター付きプライマー

2019/1/18

• Illumina用インデックス付きプライマー

2018/7/26

• PCR用10xローディングバッファ

2017/12/7

• LibreOfficeテンプレート

2017/10/10

• AMPureXPもどき

2017/9/1

• スピンカラムの再生

2017/8/31

• Buffer QBT

2017/8/25

• 進化学夏の学校2017：加速する分類学と系統学

2017/7/26

• スピンカラムによるDNA抽出
• Wash Buffer
• Binding Buffer
• 0.1M Tris-HCl pH6.4
• 1M NaCl溶液
• 13% PEG + 1.6M NaCl溶液
• Insect Lysis Buffer
• 20% PEG + 2.5M NaCl溶液

2017/7/15

• ユニバーサルプライマー
• RNAlaterもどき
• 1Mクエン酸ナトリウム溶液
• AMPureXPによる濃度均一化
• AMPureXPによるサイズ選択

2017/7/14

• 次亜塩素酸漂白による滅菌処理

2017/4/23

• iSCSI+OCFS2で高速共有ディスク
• mdadmによるRAID

2016/3/30

• 自由集会2016：メタバーコーディング・環境DNAバーコーディング解析の技法

2014/2/19

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2012/5/31

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2012/3/8

• シンポジウム2012：白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎

2012/1/12

• NFSROOTによるディスクレスブート環境の構築

2012/1/7

• NICのbondingによる負荷分散

2011/10/7

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2011/4/14

• 分子系統樹推定の落とし穴と回避法

2010/8/28

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2010/8/17

• 進化学夏の学校2010：新しい分子系統解析論：データ作成から祖先形質復元まで

2010/6/9

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2010/5/20

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• 自由集会2009：進化生態学のための分子系統樹の推定と応用

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