{{category 系統解析のための色々}}

*Illumina用アダプター付きプライマー
　Illuminaのシーケンサでマルチプレックスする場合、アダプター付きプライマーでPCRを行うことで、PCR産物にアダプターを付加する。また、シーケンス時に最初の6塩基の多様性が高くなるように、Nを6塩基加える。さらに、それ以降の塩基の多様度も高くなるよう、Nを0塩基にしたものと3塩基にしたものと6塩基にしたものを混合して使用する。
*アダプター配列
以下はNexteraで使用されているアダプター配列。
-F TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
-R GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
また、以下のTruSeqで使用されているアダプター配列でも使用可能です。
-F ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
-R GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
*作成例
-F Euk1391f-0N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGGTACACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG''HVB''GTACACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG''HVBWSK''GTACACACCGCCCGTC
-R EukBr-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNTGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNVHBTGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-F jgLCO1490-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNTITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNVNVTITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-R mlCOIintR-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHHYGGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-F mlCOIintF-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHHSGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-R jgHCO2198-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNTAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNVBNTAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-F MiFish-U-F-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVDGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
-R MiFish-U-R-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNDBVCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-F MiFish-E-F-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVVGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
-R MiFish-E-R-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNDBVCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
　ここでは、3Nのプライマーと6Nのプライマーを混合したときに、最初の6塩基がNになるように、6NのプライマーのNの後半3塩基を設計している。例えば、Euk1391f-3Nの3Nに続く3塩基がGTAなので、Euk1391f-6Nでは対応する部分がHVBとなっている。両者を1:1で混合した場合、GTAが多くはなるが、塩基の多様度は十分高いものになる。HVBをNNNにしてしまうと、GTAの割合がより高くなる。