{{category リンク集}}
*系統学関連リンク集
　系統学・系統解析に関するサイトへのリンク集。網羅的なのがお望みであればPHYLIPのサイトにあるPhylogeny Programsのページをご覧あれ。
*ソフトウェア
**[PAUP*|http://paup.csit.fsu.edu/]
　定番の系統解析ソフトウェア。最尤法、最節約法、距離行列法で系統推定が可能。多くの塩基置換モデルに対応している。
**[PHYML|http://atgc.lirmm.fr/phyml/]
　最尤法による高速な系統推定プログラム。フリーな系統推定ソフトの中では最も多くのモデルに対応している。
**[Treefinder|http://www.treefinder.de/]
　最尤法に対応している系統推定ソフト。系統樹の描画とPostScriptファイルへの出力などの機能があり、便利。分岐年代の推定もできる。mixed modelsにも対応している。
**[Phase|http://umber.sbs.man.ac.uk/resources/phase/]
　RNA遺伝子領域用の分子進化モデルによく対応している最尤・MCMCベイジアン系統推定用ソフトウェア。mixed modelsにも対応している。
**[PHYLIP|http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html]
　系統推定ソフトウェアパッケージ。最節約法、近隣結合法、最尤法など、一通りのことはできるが、新しい塩基置換モデルを利用した最尤法は扱えない。
**[MOLPHY|ftp://ftp.ism.ac.jp/pub/ISMLIB/MOLPHY/]
　最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。有用なPerlスクリプトも同梱されている。系統樹をPostScriptに出力することもできる。
**[TREE-PUZZLE|http://www.tree-puzzle.de/]
　最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。quartet puzzling algorithmを使い、最尤法を使うものの中では比較的高速。塩基置換の不均一性をGamma分布を用いて考慮することも可能。
**[fastDNAml|http://rdp.cme.msu.edu/download/programs/fastDNAml/]
　PHYLIPのDNAmlのアルゴリズムを改善して高速化したもの。
**[PAML|http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html]
　最尤法とベイズ法に特化した系統推定ソフトウェアパッケージ。
**[MrBayes|http://mrbayes.csit.fsu.edu/]
　MCMC(マルコフ連鎖モンテカルロ)法を用いてベイジアン系統推定するプログラム。
**[BEAST|http://evolve.zoo.ox.ac.uk/beast/]
　MCMC法を利用して系統樹・分岐年代の推定などを行うJavaプログラム。
**[SplitsTree4|http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/splitstree4/welcome.html]
　系統ネットワーク推定用ソフトウェア。Java製。
**[MEGA|http://www.megasoftware.net/]
　Windows用の系統推定ソフトウェア。近隣結合法などの距離行列法に対応。同梱のTreeExplorerはカッチョイイ円形の系統樹を描ける。
**[ModelTest|http://darwin.uvigo.es/software/modeltest.html]
　塩基置換モデル選択用ソフトウェア。PAUP*が必要。
**[ProtTest|http://darwin.uvigo.es/software/prottest.html]
　アミノ酸置換モデル選択用ソフト。
**[ModelGenerator|http://bioinf.may.ie/software/modelgenerator/]
　塩基・アミノ酸置換モデル選択用ソフト。Java上で走る。単体で動作。
**[MrAIC.pl|http://www.ebc.uu.se/systzoo/staff/nylander.html]
　塩基置換モデル選択用Perlスクリプト。MrBayes用設定コマンドを出力する。PHYMLが必要。
**[MrModeltest|http://www.ebc.uu.se/systzoo/staff/nylander.html]
　塩基置換モデル選択用スクリプト。MrBayes用設定コマンドを出力する。PAUP*が必要。
**[NJplot|http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html]
　系統樹可視化プログラム。私の環境では不安定。
**[TreeView X|http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/]
　系統樹可視化プログラム。Windows、UNIX、MacOS Xに対応。
**[Mesquite|http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html]
　Javaな系統解析ソフトウェア。ツリーやチャートの編集、祖先形質復元、多変量統計解析など。
**[TREEME|http://science.do-mix.de/software_treeme.php]
　Windows用系統樹描画・編集ソフトウェア。有料。
**[TreeDyn|http://www.treedyn.org/]
　系統樹描画・編集ソフトウェア。Java製。
**[FigTree|http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=figtree]
　系統樹描画・編集ソフトウェア。Java製。
**[TreeStat|http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=treestat]
　系統樹の様々な性質を表す指標を計算するソフトウェア。
**[r8s|http://ginger.ucdavis.edu/r8s/index.html]
　LF法、NPRS法、PL法による分岐年代の推定ソフト。
**[PhyBayes|http://binf01.bioinformatics.uottawa.ca/~stephane/stephane_nobs.html]
　MCMCを応用した分岐年代のベイズ推定を行うソフトウェア。
**[Multidivtime|http://statgen.ncsu.edu/thorne/multidivtime.html]
　階層ベイズモデルに基づいて分岐年代のMCMCベイズ推定を行うソフトウェア。
**[CONSEL|http://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/consel/index.html]
　比較したい系統樹と、それぞれの樹形における座位毎の尤度(site-wise likelihoods)を与えることで、RELL法によるマルチスケールブートストラップを用いて系統樹を統計的に比較するためのソフトウェア。
**[PhyloBayes|http://www.lirmm.fr/mab/article.php3?id_article=329]
**[BayesPhylogenies|http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesPhy.html]
　パーティション分割を系統樹の尤度に最適化することでデータから決定するように実装したベイジアン系統推定ソフトウェア。
**[BayesTraits|http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesTraits.html]
　祖先形質のベイズ推定ソフトウェア。バイナリデータのみならず多数の形質状態も扱えます。離散・連続的な形質の両方に対応。
**[Testing for the Node-Density Artefact|http://www.evolution.rdg.ac.uk/pe/index.html]
　タクソンサンプリング密度の違いに起因するアーティファクトを検出するためのWebフォーム。