{{category 系統解析のための色々}}

*Illumina用アダプター付きプライマー
　Illuminaのシーケンサでは、解読中の塩基が多様なほど解読の質が高まります。これは、カメラで光を検出しているため、同一塩基ばかりのサンプルでは光が飽和して異なる点が区別できなくなってしまう性質があるためです。特に、最初の6塩基で塩基の多様度が低く、異なる点が区別できない場合、ほとんどデータが得られません。そこで、読み始めになるアダプター配列直後に6塩基のNを挿入することで、塩基多様度を最大化します。

　アダプター配列直後に6塩基のNを挿入するだけでも通常は問題ありませんが、7塩基目以降も塩基多様度が高いに越したことはありません。そこで、6塩基のNの直後にさらに2塩基・4塩基・6塩基を付加したものと、何も付加しないもの、合計4種類のプライマーを等濃度で等量混合することで、増幅産物の長さに変異を持たせます。
*アダプター配列
以下はNexteraで使用されているアダプター配列。
-F TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
-R GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
また、以下のTruSeqで使用されているアダプター配列でも使用可能です。
-F ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
-R GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
*作成例
-F Euk1391f-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN GTACAC ACCGCCCGTC
-F Euk1391f-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVGTAC ACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVYRGT ACACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVYRYR GTACACACCGCCCGTC
-R EukBr-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN TGATCC TTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VHTGAT CCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VHSMTG ATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VHSMGA TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-F jgLCO1490-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN TITCIA CIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VNTITC IACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VNVDTI TCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VNVNVK TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-R mlCOIintR-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN GGRGGR TASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HHGGRG GRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HHYHGG RGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HHHHYY GGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-F mlCOIintF-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN GGWACW GGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HHGGWA CWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HHSYGG WACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HHHYWC GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-R jgHCO2198-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN TAIACY TCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VBTAIA CYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VBNBTA IACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN VBVBRG TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-F MiFish-U-F-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN GTCGGT AAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVGTCG GTAAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVWMGT CGGTAAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVWMWM GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
-R MiFish-U-R-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN CATAGT GGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN DBCATA GTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN DBRBCA TAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN DBRBAS CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-F MiFish-E-F-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN GTTGGT AAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVGTTG GTAAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVMMGT TGGTAAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN HVMMMM GTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
-R MiFish-E-R-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN CATAGT GGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN DBCATA GTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN DBRBCA TAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG NNNNNN DBRBAS CATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
　ここでは、A,B,C,Dの4種のプライマーを混合したときに、読み始めの6塩基がNになるように、各プライマーを設計している。また、その後ろで長さをばらつかせることで、それ以降の配列における同じ位置の塩基の多様度も向上する。