{{category 系統解析のための色々}}

*Illumina用アダプター付きプライマー
　Illuminaのシーケンサでマルチプレックスする場合、アダプター付きプライマーでPCRを行うことで、PCR産物にアダプターを付加する。また、シーケンス時に最初の6塩基の多様性が高くなるように、最初の6塩基がコンセンサスを取ったときにNになるようにする。具体的には、4種類のプライマーを用意し、それぞれにTGCAGT、CATGTC、ACGTAG、GTACCAを付加する。これらを混合すると、最初の6塩基はNとなり、しかも各塩基の比率は等しくなる。さらに、その後ろにNを0塩基にしたものと2塩基にしたものと4塩基にしたものと6塩基にしたものを混合して使用する。このNも、コンセンサスがNになるように決定する(実際にはNにせず、コンセンサスがNになるようにする)。また、GC含量が半分程度になるように留意する。なお、最初の6塩基がNになることが最重要なので、その後ろの長さに変異を持たせるのが面倒であれば省略してもよい。
*アダプター配列
以下はNexteraで使用されているアダプター配列。
-F TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
-R GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
また、以下のTruSeqで使用されているアダプター配列でも使用可能です。
-F ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
-R GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
*作成例
-F Euk1391f-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GTACAC ACCGCCCGTC
-F Euk1391f-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC CAGTAC ACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG AGCAGT ACACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA TCTGYR GTACACACCGCCCGTC
-R EukBr-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT TGATCC TTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC ACTGAT CCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG GAGCTG ATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA CTCAGA TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-F jgLCO1490-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT TITCIA CIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC CMTITC IACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG ARVMTI TCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA GYVAMK TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-R mlCOIintR-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GGRGGR TASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC ATGGRG GRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG CAYHGG RGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA TCCHYY GGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-F mlCOIintF-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GGWACW GGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC TAGGWA CWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG CTCTGG WACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA ACACWC GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-R jgHCO2198-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT TAIACY TCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC AGTAIA CYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG CTCBTA IACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA GCABRG TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-F MiFish-U-F-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GTCGGT AAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC TAGTCG GTAAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG ACTAGT CGGTAAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA CGACWM GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
-R MiFish-U-R-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT CATAGT GGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC GTCATA GTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG AGABCA TAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA TCGBAS CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-F MiFish-E-F-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GTTGGT AAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC TCGTTG GTAAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG AGACGT TGGTAAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA CACAMM GTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
-R MiFish-E-R-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT CATAGT GGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC TGCATA GTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG ATGBCA TAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA GCABAS CATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
　ここでは、A,B,C,Dの4種のプライマーを混合したときに、最初の6塩基がNになるように、各プライマーを設計している。最初の6塩基にはNなどの縮重コードを入れないようにする。これは、縮重コードで発注すると、メーカーによって塩基に大きな偏りがあることがしばしばあり、例えば「N」は実際にはほとんど「T」であることが多いためである。このように4種類のものを混合することで、同じ位置の塩基の比率が均一になる。また、その後ろで長さをばらつかせることで、それ以降の配列における同じ位置の塩基の多様度も向上する。デオキシイノシン「I」は、「C」が最も付きやすく、「A」、「T」、「G」の順に付きにくくなっていく。そこで、とりあえず「G or T = K」とみなして他のプライマーを設計する。