{{category 系統解析のための色々}}

*Illumina用インデックス付きプライマー
　Illuminaのシーケンサでマルチプレックスする場合、アダプター付きプライマーでPCRした増幅産物に、アダプターにアニールするインデックス付きプライマーを用いてPCRすることで、さらにインデックスとP5・P7配列を付加する。

*P5・P7配列とインデックス配列、プライマー配列
-F AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACXXXXXXXXTCGTCGGCAGCGTC
-R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATXXXXXXXXGTCTCGTGGGCTCGG
　Xがインデックス配列。R側のインデックス配列を逆相補にした配列がインデックス1、F側のインデックス配列がインデックス2として解読されることに注意すること。

*IDT社発注用エクセルファイル
　IDT社はエクセルファイルを送信することで、プレート形態で納品してもらうことが可能。マルチチャネルピペット使用を前提とするなら、この形態で納品してもらうのがよい。フォワード側24本8セット(合計192本)とリバース側36本8セット(合計288本)を発注するには、こちら↓のエクセルファイルを使用可能。
-フォワードプライマー24本ABC {{ref forwardprimer-v2_ABC.xls}}
-フォワードプライマー24本DEF {{ref forwardprimer-v2_DEF.xls}}
-フォワードプライマー24本GHI {{ref forwardprimer-v2_GHI.xls}}
-フォワードプライマー24本JKL {{ref forwardprimer-v2_JKL.xls}}
-フォワードプライマー24本MNO {{ref forwardprimer-v2_MNO.xls}}
-フォワードプライマー24本PQR {{ref forwardprimer-v2_PQR.xls}}
-フォワードプライマー24本STU {{ref forwardprimer-v2_STU.xls}}
-フォワードプライマー24本VWX {{ref forwardprimer-v2_VWX.xls}}
-リバースプライマー36本ABC {{ref reverseprimer-v2_ABC.xls}}
-リバースプライマー36本DEF {{ref reverseprimer-v2_DEF.xls}}
-リバースプライマー36本GHI {{ref reverseprimer-v2_GHI.xls}}
-リバースプライマー36本JKL {{ref reverseprimer-v2_JKL.xls}}
-リバースプライマー36本MNO {{ref reverseprimer-v2_MNO.xls}}
-リバースプライマー36本PQR {{ref reverseprimer-v2_PQR.xls}}
-リバースプライマー36本STU {{ref reverseprimer-v2_STU.xls}}
-リバースプライマー36本VWX {{ref reverseprimer-v2_VWX.xls}}
　フォワードのAに対してはリバースのAを組み合わせる。他の組み合わせも使用しても構わないが、上記インデックスではA-A、B-B・・・X-Xの組み合わせだけでも2304サンプルはマルチプレックス可能。使用しない組み合わせを大量に用意することで、index switching (tag jumpingあるいはindex hoppingとも呼ばれる)の起きる確率をランごとに推定可能になる。最低でも半分は使用しない組み合わせにすること。
*ライブラリテスト用プライマー
　上記のインデックス付きプライマーで増幅ができていれば、溶液を数千倍に薄めて下記のプライマーでPCRを行い、電気泳動することで、ライブラリ調製がうまく行っているかどうかをテストすることができる。シーケンスしたら全く読めてなかった、ということになると悲惨なので、必ず確認しておくこと。全サンプルでやる必要はなく(初めてならやった方がいいが)、混合後のサンプルで構わない。
-フォワードプライマー AATGATACGGCGACCACCGA
-リバースプライマー CAAGCAGAAGACGGCATACGA
　アニーリング温度は60℃、サイクル数は30〜40程度でよい。