{{category 系統解析のための色々}}

*Illumina用アダプター付きプライマー
　Illuminaのシーケンサでマルチプレックスする場合、アダプター付きプライマーでPCRを行うことで、PCR産物にアダプターを付加する。また、シーケンス時に最初の6塩基の多様性が高くなるように、最初の6塩基がコンセンサスを取ったときにNになるようにする。具体的には、Nを0塩基にしたものと2塩基にしたものと4塩基にしたものと6塩基にしたものを混合して使用する。コンセンサスがNになるよう、また、GC含量が大きく変化しないように作成する。
*アダプター配列
以下はNexteraで使用されているアダプター配列。
-F TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
-R GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG''NNNNNN''
また、以下のTruSeqで使用されているアダプター配列でも使用可能です。
-F ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
-R GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT''NNNNNN''
*作成例
-F Euk1391f-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GTACAC ACCGCCCGTC
-F Euk1391f-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC CAGTAC ACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG AGCAGT ACACACCGCCCGTC
-F Euk1391f-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA TCTGYR GTACACACCGCCCGTC
-R EukBr-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT TGATCC TTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC ACTGAT CCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG GAGCTG ATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-R EukBr-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA CTCAGA TGATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC
-F jgLCO1490-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT TITCIA CIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC CMTITC IACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG ARVMTI TCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-F jgLCO1490-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA GYVAMK TITCIACIAAYCAYAARGAYATTGG
-R mlCOIintR-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GGRGGR TASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC ATGGRG GRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG CAYHGG RGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-R mlCOIintR-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA TCCHYY GGRGGRTASACSGTTCASCCSGTSCC
-F mlCOIintF-A TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT GGWACW GGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-B TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC TAGGWA CWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-C TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG CTCTGG WACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-F mlCOIintF-D TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA ACACWC GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC
-R jgHCO2198-A GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG TGCAGT TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-B GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG CATGTC TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-C GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG ACGTAG TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-R jgHCO2198-D GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG GTACCA TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA
-F MiFish-U-F-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
-F MiFish-U-F-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVDGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC
-R MiFish-U-R-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-R MiFish-U-R-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNDBVCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
-F MiFish-E-F-3N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
-F MiFish-E-F-6N TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNHVVGTTGGTAAATCTCGTGCCAGC
-R MiFish-E-R-3N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
-R MiFish-E-R-6N GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNDBVCATAGTGGGGTATCTAATCCTAGTTTG
　ここでは、0Nのプライマーと2Nのプライマーと4Nのプライマーと6Nのプライマーを混合したときに、最初の6塩基がNになるように、各プライマーを設計している。4種類を混合することで、発注時のプライマー配列内の縮重コードを減らしている。これは、縮重コードで発注すると、メーカーによって塩基に大きな偏りがあることがしばしばあり、例えば「N」は実際にはほとんど「T」であることが多いためである。このように4種類のものを混合することで、塩基の多様度が上がる。また、長さをばらつかせることで、それ以降の配列における同じ位置の塩基の多様度も向上する。デオキシイノシン「I」は、「C」が最も付きやすく、「A」、「T」、「G」の順に付きにくくなっていく。そこで、「G or T = K」とみなして他のプライマーを設計する。