{{category リンク集}}

*ソフトウェア

**[PAUP*|http://paup.csit.fsu.edu/]

　定番の系統解析ソフトウェア。最尤法、最節約法、距離行列法で系統推定が可能。多くの塩基置換モデルに対応している。

**[PHYLIP|http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html]

　系統推定ソフトウェアパッケージ。最節約法、近隣結合法、最尤法など、一通りのことはできるが、新しい塩基置換モデルを利用した最尤法は扱えない。

**[MOLPHY|ftp://ftp.ism.ac.jp/pub/ISMLIB/MOLPHY/]

　最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。有用なPerlスクリプトも同梱されている。系統樹をPostScriptに出力することもできる。

**[TREE-PUZZLE|http://www.tree-puzzle.de/]

　最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。quartet puzzling algorithmを使い、最尤法を使うものの中では高速。塩基置換の不均一性をGamma分布を用いて考慮することも可能。

**[fastDNAml|http://rdp.cme.msu.edu/download/programs/fastDNAml/]

　PHYLIPのDNAmlのアルゴリズムを改善して高速化したもの。と言ってもほとんどフルスクラチで書かれている。

**[PAML|http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html]

　最尤法とベイズ法に特化した系統推定ソフトウェアパッケージ。

**[MrBayes|http://morphbank.ebc.uu.se/mrbayes/]

　MCMC(マルコフ連鎖モンテカルロ)法を用いてベイジアン系統推定するプログラム。

**[BEAST|http://evolve.zoo.ox.ac.uk/beast/]]

　MCMC法を利用して分岐年代の推定などを行うJavaプログラム。

**[MEGA|http://www.megasoftware.net/]

　Windows用の系統推定ソフトウェア。近隣結合法などの距離行列法に対応。同梱のTreeExplorerはカッチョイイ円形の系統樹を描ける。

**[NJplot|http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html]

　系統樹可視化プログラム。私の環境では不安定。

**[TreeView X|http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/]

　系統樹可視化プログラム。Windows、UNIX、MacOS Xに対応。

**[Mesquite|http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html]

　Javaな系統解析ソフトウェア。ツリーやチャートの編集、祖先形質復元、多変量統計解析など。